R语言绘图 - 箱线图01

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主笔：于浩

说明

• 科研绘图很重要，但是内容更为重要，先保证内容的高质量，再学习高质量绘图。

• 绘图工具有很多，用任何软件/在线工具绘图都可以，没有必要使用R语言，R语言并不一定是最优选择，只是选择之一。

• 绘图与生信分析一样，数据格式整理很重要，一定要保证格式正确。

一、R语言软件安装

1、系统和软件参考：R语言绘图基础
2、下载Demo数据，点击文章底部的“下载demo数据”下载demo数据和R脚本。

二、数据和脚本准备

1、将demo数据解压缩到D盘根目录的“R-Plot”文件夹下。
2、将绘图数据按照demo数据的格式填写到“input_table.csv”文件中。

输入的格式如下：

三、运行R脚本进行绘图

1、双击R脚本“BarPlot01.R”，用RStudio打开脚本。

2、根据原始数据修改脚本（可以修改的内容见下面的脚本，主要修改 gather 软件后面的列名，如果列数超过10列，必须要添加新的填充颜色）

建议保存svg格式的文件，利用CDR等软件进行修改。

library(ggplot2) #加载ggplot2包
library(tidyr)

# 导入数据
datawidth <- read.table("D:\\R-plot\\input_table.csv", header=T,sep=",")

# 利用tidyr包里面的gather工具将款格式转换为长格式
# 改行代码最后的“A:E"，冒号前面是第一列的列明，冒号后面是第二列的列明，此处需要修改！！！
datalong <- gather(datawidth, type, value, A:E)


# 绘图
ggplot(datalong, aes(x=type, y=value, group=type, fill=type))+ 
		geom_boxplot(
			notch=TRUE,   # 箱线图有没有凹痕，如果是False就没有，就是一个完整的矩形。
			outlier.colour="blue",
			outlier.shape=10,
			outlier.size=4,
			outlier.alpha=0.4
			)+
		stat_boxplot(             # 添加error bar，也就是四分位数
			geom="errorbar", 
			width=0.15
			)+
		stat_summary(             # 添加一个点，表示平均值所在的位置
			fun.y=mean,
			geom="point",
			shape=23,
			size=4,
			col = "red"
			)+
		# 如果想要用预设的调色可以不要下面这两段代码，用其他的代替，例如：  +scale_fill_lancet()    具体的每个系统配色好不好需要查资料
		scale_fill_manual(       # 手动设置箱线图的填充颜色
			values=c("#C0FF3E", "#FF4500", 'blue', "#ff0088", "#ff8800","#00FFFF","#7D26CD", "#009900", "#E69F00", "#ffff00")
			)+
		# geom_dotplot(binaxis="y", stackdir="center", dotsize = 0.4, stackratio=0.5)+     # 添加散点图，点不抖动，而是一行一行的分布
		geom_jitter(shape=16, position=position_jitter(0.2))      # 添加散点，散点是随机抖动的，0.2这个值越大代表抖动程度越高。抖动范围越大（散点宽度越宽）

下面这两个地方的参数需要注意，基本上这两个对了就能画出图来。

3、最终生成的图片如下：

4、保存图像为SVG格式，利用CorelDRAW软件修改细节。具体参考“CorelDRAW绘图基础”

下载demo数据