R语言绘图 - 散点图01+线性回归

原创内容，欢迎转载，转载请注明出处

主笔：于浩

一、R语言软件安装

1、系统和软件参考：R语言绘图基础
2、下载Demo数据，点击文章底部的“下载demo数据”下载demo数据和R脚本。

二、数据和脚本准备

1、将demo数据解压缩到D盘根目录的“R-Plot”文件夹下。
2、将绘图数据按照demo数据的格式填写到“input_table.csv”等文件中。

如果只绘制最简单的散点图就只把x和y（平均值）填入就可以了，如果要添加error bar或者修改颜色可以使用其他脚本。

三、运行R脚本进行绘图

绘制散点图（scatter plot）+线性回归

1、双击R脚本“PointPlot01.R”，用RStudio打开脚本。

2、根据原始数据修改脚本（可以修改的内容见下面的脚本）

library(ggplot2) #加载ggplot2包
library(dplyr)   #加载dplyr包
library(ggpmisc) #加载ggpmisc包

# 导入数据
data <- read.table("D:\\R-Plot\\input_table.csv", header=T,sep=",")

# 绘图
ggplot(data=data, aes(x=x, y=y))+ # 将数据矩阵导入
		geom_point(size=5)+  # 绘制散点图
		xlab('Protein weight (ug)')+
		ylab('OD595 nm')+
		geom_smooth(method='lm', formula = y ~ x)+ # 添加回归曲线（线性回归）
		stat_poly_eq(aes(label = paste(..eq.label.., ..adj.rr.label.., sep = '~~~~')), formula = y ~ x, parse = T)+  # 添加回归方程
		theme_classic()   # 设置主题为classic
		# 这里只放最简单的绘图，如果发文章用需要修改x轴、y轴的刻度、字体大小、颜色、x轴、y轴的标题的颜色等等请参考其他教程或者用其他软件修改。

demo数据结果如下

绘制带有error bar的散点图+线性回归

1、双击R脚本“PointPlot01_sd.R”，用RStudio打开脚本。

2、根据原始数据修改脚本（可以修改的内容见下面的脚本）

error bar信息需要添加到新的一列，列名为sd，demo脚本数据参考 “input_table_sd.csv”

library(ggplot2) #加载ggplot2包
library(dplyr)   #加载dplyr包
library(ggpmisc) #加载ggpmisc包

# 导入数据
data <- read.table("D:\\R-Plot\\input_table_sd.csv", header=T,sep=",")

# 绘图(添加errorbar)一般情况下线性回归是用来做标准曲线的，不需要添加error bar。
ggplot(data=data, aes(x=x, y=y))+ # 将数据矩阵导入
  geom_point(size=5)+  # 绘制散点图
  xlab('Protein weight (ug)')+
  ylab('OD595 nm')+
  geom_smooth(method='lm', formula = y ~ x)+ # 添加回归曲线（线性回归）
  geom_errorbar(aes(ymin=y-sd, ymax=y+sd), width=0.02, linetype=1, size=0.2)+  # 添加error bar
  stat_poly_eq(aes(label = paste(..eq.label.., ..adj.rr.label.., sep = '~~~~')), formula = y ~ x, parse = T)+  # 添加回归方程
  theme_classic()   # 设置主题为classic
# 这里只放最简单的绘图，如果发文章用需要修改x轴、y轴的刻度、字体大小、颜色、x轴、y轴的标题的颜色等等请参考前面的图像拷贝过来用就行。

demo数据结果如下