一、R语言和RStudio下载安装
1、下载R语言
一般来说可以下载最新的R语言，如果最新的R语言出现问题可以登录实验室云盘下载R-4.2.2版本。
R语言官方地址：https://www.r-project.org/
国内镜像R语言下载地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
2、安装R语言
双击下载的R-*.*.*-win.exe，点击下一步，所有选项均选用默认选项。
3、下载RStudio软件
RStudio是R语言最好的IDE，推荐在RStudio中运行R语言，下载地址：https://posit.co/downloads/ 我们使用免费版本就可以了。
4、采用默认参数安装RStudio。
后面使用R语言都默认采用RStudio打开。
二、R语言教程
R语言是一种学习曲线陡峭的语言，本模块使用R语言主要就是进行科研绘图，不需要学习R语言的统计分析或者学会R语言编程技巧，我们只需要根据已经编写好的脚本修改部分参数，依次运行就能够得到最终的结果，因此不需要掌握太多的R语言基础。如果想要自己学习R语言或者利用R语言进行统计学分析，可以通过下面这些教程来学习R语言。
1、菜鸟教程：R语言教程 https://www.runoob.com/r/r-tutorial.html
2、北大R语言课程讲义：https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/index.html
3、购买出版级R语言绘图在线培训课程（联系团队负责人）
4、查看Y叔的文章
5、遇到不会的自己到百度进行查看
三、R语言安装软件
1、双击RStudio图标，打开RStudio。
2、利用install.packages()函数来安装软件包，以安装”ggplot2“软件包为例
install.packages("ggplot2")
3、利用BiocManager安装bioconductor软件库的软件
BiocManager也可以安装CRAN的软件包，所以所有的软件包都可以用BiocManager进行安装。
先安装BiocManager：
install.packages("BiocManager")
用BiocManager安装软件，以安装DESeq2为例
library(BiocManager)
BiocManager::install("DESeq2")
四、利用R脚本绘图
说明：
绘图主要就是（1）把自己的数据按照demo的数据格式进行整理；（2）根据数据的范围调整R脚本中的相对应参数；（3）点击Run进行绘图；（4）将图片以svg格式进行存储，利用CorelDRAW进行修改。
有能力的同学可以直接修改R脚本生成可以放到文章中的图片，无需学习本教程。
1、如何利用本网站教程的R脚本进行绘图？
点击进入特定图片的绘图网页，点击下方的“下载demo文件和R脚本”。将所有文件解压缩到D盘根目录下面的R-Plot文件夹下（这个文件夹是默认文件夹，放到其他位置需要修改R脚本的数据路径）。根据每一个教程的数据的输入规则，把自己的数据替换demo数据中的input.csv中的数据。
2、双击R脚本文件“BarPlot01.R”，默认会用RStudio打开脚本，点击“Run”运行脚本进行绘图。
3、在RStudio的右下角会出现绘制成功的图像，点击Export之后，可以选择保存pdf还是保存图像，这里可以重新选择生成图像的比例，选择保存的位置和保存的图像的名字，设置好参数后点击“Save”就可以保存图像。
平时报告可以生成png格式的文件，如果要发表那么最好生成svg格式的图像，并利用CorelDRAW进行修改。
如果绘图失败可以先运行demo看看是否存在问题，如果demo没有问题则应该是没有根据自己的数据调整参数导致的问题（比如说y轴数据超出了y轴的刻度值，或者颜色数目少于数据的组数等等，可以查看错误信息通过百度来进行问题查找），重新调整参数后再次进行绘图。
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