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R语言绘图 - 基础

食用菌精准育种实验室-实验宝典
2023-09-13 / 0 评论 / 0 点赞 / 442 阅读 / 1,160 字

一、R语言和RStudio下载安装

1、下载R语言

一般来说可以下载最新的R语言,如果最新的R语言出现问题可以登录实验室云盘下载R-4.2.2版本。

R语言官方地址:https://www.r-project.org/

国内镜像R语言下载地址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

6501524ed2edd.png

6501524edbf83.png

2、安装R语言

双击下载的R-*.*.*-win.exe,点击下一步,所有选项均选用默认选项。

3、下载RStudio软件

RStudio是R语言最好的IDE,推荐在RStudio中运行R语言,下载地址:https://posit.co/downloads/ 我们使用免费版本就可以了。

6501528ce2ab3.jpg

4、采用默认参数安装RStudio。

后面使用R语言都默认采用RStudio打开。

二、R语言教程

R语言是一种学习曲线陡峭的语言,本模块使用R语言主要就是进行科研绘图,不需要学习R语言的统计分析或者学会R语言编程技巧,我们只需要根据已经编写好的脚本修改部分参数,依次运行就能够得到最终的结果,因此不需要掌握太多的R语言基础。如果想要自己学习R语言或者利用R语言进行统计学分析,可以通过下面这些教程来学习R语言。

1、菜鸟教程:R语言教程 https://www.runoob.com/r/r-tutorial.html

2、北大R语言课程讲义:https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/index.html

3、购买出版级R语言绘图在线培训课程(联系团队负责人)

4、查看Y叔的文章

5、遇到不会的自己到百度进行查看

三、R语言安装软件

1、双击RStudio图标,打开RStudio。

2、利用install.packages()函数来安装软件包,以安装”ggplot2“软件包为例

install.packages("ggplot2")

650153a8b3596.jpg

3、利用BiocManager安装bioconductor软件库的软件

BiocManager也可以安装CRAN的软件包,所以所有的软件包都可以用BiocManager进行安装。

先安装BiocManager:

install.packages("BiocManager")

用BiocManager安装软件,以安装DESeq2为例

library(BiocManager)
BiocManager::install("DESeq2")

6501541435df7.jpg

四、利用R脚本绘图

说明:

绘图主要就是(1)把自己的数据按照demo的数据格式进行整理;(2)根据数据的范围调整R脚本中的相对应参数;(3)点击Run进行绘图;(4)将图片以svg格式进行存储,利用CorelDRAW进行修改。

有能力的同学可以直接修改R脚本生成可以放到文章中的图片,无需学习本教程。

1、如何利用本网站教程的R脚本进行绘图?

点击进入特定图片的绘图网页,点击下方的“下载demo文件和R脚本”。将所有文件解压缩到D盘根目录下面的R-Plot文件夹下(这个文件夹是默认文件夹,放到其他位置需要修改R脚本的数据路径)。根据每一个教程的数据的输入规则,把自己的数据替换demo数据中的input.csv中的数据。

2、双击R脚本文件“BarPlot01.R”,默认会用RStudio打开脚本,点击“Run”运行脚本进行绘图。

650155936527b.jpg

3、在RStudio的右下角会出现绘制成功的图像,点击Export之后,可以选择保存pdf还是保存图像,这里可以重新选择生成图像的比例,选择保存的位置和保存的图像的名字,设置好参数后点击“Save”就可以保存图像。

平时报告可以生成png格式的文件,如果要发表那么最好生成svg格式的图像,并利用CorelDRAW进行修改。

如果绘图失败可以先运行demo看看是否存在问题,如果demo没有问题则应该是没有根据自己的数据调整参数导致的问题(比如说y轴数据超出了y轴的刻度值,或者颜色数目少于数据的组数等等,可以查看错误信息通过百度来进行问题查找),重新调整参数后再次进行绘图。

650155904b027.jpg

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