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主笔：于浩、刘新雨
注意事项
1、如果有大量样本要提取，或者对于基因组质量要求较高，就选用CTAB方法提取，基因组完整度高，成本低。
2、如果不超过5个样本，选用真菌基因组提取试剂盒进行提取就可以了。
3、CTAB法使用冻干的样本，新鲜样本提取效果不好
一、实验准备
1、实验材料
CTAB方法使用冻干的组织或者菌丝，将新鲜子实体切成2 ~3 mm的小块（菌丝直接刮取就可以），放到-80摄氏度冷冻，并进行冷冻真空干燥。冻干之后的样本可以在-20℃长期保存。
实验样本一定要新鲜，不要有腐败、虫蛀，如果使用子实体最好用幼嫩的子实体。冷冻真空干燥之后的样本提取效果要明显比新鲜子实体要好。所以如果能够进行冷冻真空干燥最好用冷冻真空干燥的样本。
如果没有低温的条件，或者野外采样腐败比较迅速，可以采用异丙醇脱水法（见最后），该方法来源于文献，实验室并未验证过。
2、试剂
CTAB抽提液：见《常见溶液、缓冲液配制方法》
DNA提取酚试剂、氯仿/异戊醇混合溶液：公共冰箱4℃，用完放回
Ribonuclease A (RNase A)：公共冰箱-20，用完放回
异丙醇、70%乙醇（配置方法见《常见溶液、缓冲液配制方法》）
TE缓冲液：用胶回收试剂盒中现成的最后一步洗脱用的的Elution Buffer。
二、实验步骤
2.1 样本研磨（~20 min）
1、样品研磨
将-20℃冻存的新鲜子实体样本和冻干的样本中加入3粒3 mm钢珠，在组织研磨仪上60 Hz 90s，取出来观察一下是否研磨成功，如果研磨的不好，再次研磨90 s【一般两次就没有问题了】
2.2 CTAB抽提Genomic DNA（~1 h）
2、加入2.0 mL CTAB抽提液，65 ℃金属浴保温45 min以上，每隔10 min轻摇混匀，尽量使菌丝裂解完全；
（有文献报道这里可以添加1%的PVP，需要优化可以尝试）
3、12000 rpm，离心10 min，将0.9 mL上清转移到新的2 mL的离心管中，一共装2管；
2.3 去除蛋白（~1 h）
4、取0.9 mL上清液加入等体积的DNA提取酚试剂（在公共冰箱4度），**轻轻混匀**10 min（可以在脱色摇床上面低转速混匀），12000 rpm，4 ℃离心10 min；
（有文献报道这里可以增加一步乙酸钾来除蛋白，本方案没有这一步）
5、取0.8 mL上清液（上层）移入新离心管中，加入等体积的氯仿异戊醇混合溶液（在公共冰箱4度），轻轻混匀10 min（可以在脱色摇床上面低转速混匀），12000 rpm，4 ℃离心 10 min；
2.4 DNA沉淀（~2 h）
6、取0.6 mL上清（上层）液移入新离心管中，加入2/3体积的4℃预冷的异丙醇，置于-20 ℃冰箱沉淀20 min以上（根据自己的时间灵活掌握，这个时间可以延长，也可以过夜沉淀），8000 rpm，4℃离心10 min；
7、弃去上清液，沉淀用70%乙醇，上下颠倒洗涤1次，12000 rpm,室温离心3 min，去上清；
8、将离心管倒置放在吸水纸上面吸干残余液体，将DNA自然晾干直至白色DNA沉淀刚刚完全变透明；
9、加入80 μL TE buffer（用试剂盒里面的就行），轻轻敲打使沉淀溶解；
10、加入0.3 μL RNaseA（公共冰箱-20℃），37 ℃水浴，保温1 h，去除RNA；
11、Genomic DNA进行agarose电泳检测拍照，保存照片，做好标记后，于-20℃冰箱贮藏备用。
实验记录
| 样本名称 | 样本信息 | NanoDrop测定浓度和agarose电泳图 |
|---|---|---|
| Sample1 | **g，样本来源，样本类型（子实体，子实体冻干，菌丝，菌丝冻干等） | |
| Sample2 | ||
| Sample3 |
异丙醇脱水法
2-4 g的幼菇切片，放入50 mL的离心管中，加入~40 mL的异丙醇，加入一个碳酸钠滤纸条。偶尔颠倒混匀一下样本，放置24 h后更换一次异丙醇。整个过程中要保持干燥、黑暗、最好4℃保存异丙醇。
回到实验室（48h）去除异丙醇，将样本真空干燥后，在-80℃保存。【个人感觉可以吹干，因为脱水了，所以不一定要用冷冻真空干燥】
碳酸钠滤纸条制备：1.5 * 5 cm，Whatman 3MM 滤纸条，浸没在10%的碳酸钠溶液中，并干燥。
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