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主笔:于浩、李丝竹、李晓航
前言
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大部分情况下我们不需要使用“醇沉DNA”的方法,质粒小提试剂盒、切胶回收或者PCR产物回收等试剂盒回收的DNA完全可以满足我们进行PCR、DNA分析、酶切、连接等操作的需求。
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少数情况下我们需要高浓度的DNA,实验室通常不会准备这种试剂盒,如果用PCR产物回收试剂盒回收后再浓缩步骤比较繁琐。例如酵母转化过程中的DNA的浓缩、大提质粒、EDTA法提取基因组DNA等操作。在实验步骤的最后往往要进行DNA的醇沉。
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实验室测试了不同的实验方案,不同的沉淀剂,常温和低温沉淀等,并对这些方法进行比较分析,最终选择了异丙醇沉淀法。
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无水乙醇会从空气中吸水,这会使得其浓度降低并影响测序结果,因此不能整瓶使用长时间开口放置,应该分装后使用(位于储存液架子上)。
一、实验准备
1、试剂
70%乙醇、TE缓冲液(配置方法参考:常见试剂配置方法)
异丙醇
1.5 mL离心管
2、仪器设备
高速冷冻离心机、金属浴
二、异丙醇沉淀
1、向待沉淀的DNA中加入2/3体积(4℃)预冷的异丙醇,充分颠倒混匀后,放到-20摄氏度2 h以上。
很多试验方法中DNA沉淀都是在-80摄氏度沉淀1 h,或者在-20摄氏度沉淀过夜。
-80℃沉淀需要反复打开-80℃冰箱,造成冰箱结霜严重。过夜沉淀太浪费实验,经实验验证-20℃沉淀2 h能够对DNA进行有效沉淀。
2、4℃,12000 rpm离心10 min,弃上清。【在底部应该有白色沉淀】
3、用300 μL 4℃预冷的70%乙醇洗涤沉淀(重悬沉淀),4℃,12000 rpm离心10 min,弃上清。
4、弃上清,空气干燥,直至乙醇完全挥发,至DNA的白色刚刚消失(干燥时间过长不利于DNA的溶解)。
5、加入20 μL的ddH2O溶解DNA。
根据实验需求选择加入,如果是提取基因组DNA建议加入TE缓冲液溶解,便于DNA样本的长期稳定保存。如果是转化或者酶切建议加入ddH2O。
6、60摄氏度水浴1 h,期间取出涡旋振荡,并瞬离把TE缓冲液离心到底部。
或者4摄氏度过夜溶解
7、利用超微量分光光度计测定浓度,并取1 uL进行琼脂糖凝胶电泳。
三、实验记录
- 纯化的DNA样本是什么____
- 初始体积和浓度是____
- 回收后体积___
- 洗脱后的DNA的浓度(分光光度计测量)____,260/280 = ____
- 电泳图
- 离心管上DNA的标记名称____
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