序列比对 - Diamond序列比对

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Diamond介绍和安装

1、Diamond介绍

官网地址：https://github.com/bbuchfink/diamond

• Diamond是比Blast更快的序列比对工具，速度是Blastp的500-20000倍，资源消耗小，自己的电脑就可以运行。

• Diamond只能够比对蛋白序列，包括翻译后的核苷酸和蛋白数据库进行比对，不能进行核算与核算比对。

2、Diamond下载使用（windows系统）

（1）直接从下载页下载"diamond-windows.zip"文件：http://github.com/bbuchfink/diamond/releases

（2）解压缩。

（3）直接用powershell进入解压缩后diamond.exe所在的文件夹，直接运行就行。

3、Diamond安装（Linux版本）

（1)可以用conda安装

（2）也可以用直接下载安装。

进入下载页，点击下载tar.gz文件：http://github.com/bbuchfink/diamond/releases

对压缩文件进行解压缩：

tar -zxvf diamond-linux64.tar.gz

把解压缩出来的diamond文件拷贝到合适的路径，把这个路径添加到环境变量中。

Diamond使用

1、查看帮助文档

diamond help

2、构建数据库

点击下载demo文件：proteins.fa是数据库文件，start.fa是蛋白检索序列，nucl.start.fa核酸检索序列。

diamond makedb --in proteins.fa  --db  database
# --in 数据库的蛋白质文件
# --db 生成的数据库的前缀

3、蛋白与蛋白比对

diamond blastp --db database --query start.fa --out result.txt
# --db 后面跟着上面构建的进化树的前缀
# --query 后面跟着要来进行检索的检索序列
# --out 生成的结果文本文档的名字

4、核酸（cds）与蛋白数据库比对

diamond blastx --db database --query nucl.start.fa --out result.txt

5、更详细的一些参数和用法

diamond blastp --db database --query start.fa --out result.txt  --max-target-seqs  1  --evalue  0.001  --threads  10  
# --evalue 后面跟着的是阈值，默认值是0.001
# --max-target-seqs 后面跟着每个序列输出的比对结果的条数
# --threads 使用现成的数量