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蛋白分析 - 基本理化性质分析

食用菌精准育种实验室-实验宝典
2024-01-16 / 0 评论 / 0 点赞 / 871 阅读 / 402 字
欢迎来到青岛农业大学于浩团队
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主笔:于浩


注意事项

  • 蛋白质的基本理化性质分析的方法很多,工具也很多,这里不可能一一列出。用ProtParam来进行分析比较简单,但是这里无法对多个蛋白进行分析。批量蛋白的基本理化性质可以用biopython工具来进行分析。

利用ProtParam进行蛋白基本理化性质分析

1、打开ProtParam网站

可以用Expasy数据库中的ProtParam工具来进行基本蛋白理化性质分析。

点击上面的连接进入ProtParam网站,在对话框中将蛋白质的氨基酸序列粘贴到文本框中(不要粘贴fasta格式,只粘贴氨基酸序列)。

点击“Compute parameters”按钮,开始进行分析。

微信截图_20240116130417.png

2、结果展示

ProtParam可以对多个理化性质进行分析,网页显示的内容摘要如下图:

微信截图_20240116134638.png

主要的分析项如下:

Number of amino acids 蛋白长度(氨基酸数量)
Molecular weight 分子量
theoretical pI 理论等电点
Amino acid composition 氨基酸的组成(各个氨基酸的比例)
Total number of negatively charged residues 带有负电荷的氨基酸的数量
Total number of positively charged residues 带有正电荷的氨基酸的数量
instability index (II) 蛋白质不稳定指数
Aliphatic index 脂肪系数
Grand average of hydropathicity (GRAVY) GRAVY疏水性
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