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主笔:于浩
注意事项
- 蛋白质的基本理化性质分析的方法很多,工具也很多,这里不可能一一列出。用ProtParam来进行分析比较简单,但是这里无法对多个蛋白进行分析。批量蛋白的基本理化性质可以用biopython工具来进行分析。
利用ProtParam进行蛋白基本理化性质分析
1、打开ProtParam网站
可以用Expasy数据库中的ProtParam工具来进行基本蛋白理化性质分析。
点击上面的连接进入ProtParam网站,在对话框中将蛋白质的氨基酸序列粘贴到文本框中(不要粘贴fasta格式,只粘贴氨基酸序列)。
点击“Compute parameters”按钮,开始进行分析。
2、结果展示
ProtParam可以对多个理化性质进行分析,网页显示的内容摘要如下图:
主要的分析项如下:
Number of amino acids | 蛋白长度(氨基酸数量) |
---|---|
Molecular weight | 分子量 |
theoretical pI | 理论等电点 |
Amino acid composition | 氨基酸的组成(各个氨基酸的比例) |
Total number of negatively charged residues | 带有负电荷的氨基酸的数量 |
Total number of positively charged residues | 带有正电荷的氨基酸的数量 |
instability index (II) | 蛋白质不稳定指数 |
Aliphatic index | 脂肪系数 |
Grand average of hydropathicity (GRAVY) | GRAVY疏水性 |
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