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主笔：胡春辉
Protocol适用范围
1、样品采用的是label-free进行定量，采用DDA方法进行数据采集。
2、样本没有进行分级。
3、所有参数全部采用默认参数。
4、有现成的蛋白database。
一、单样本定性分析（确定检测到几个蛋白）
1、导入数据
双击打开MaxQuant软件，点击"load"，选择原始的raw文件，导入到软件中，在下面的窗口中应该出现了一行文件信息。
在左下角输入要使用的线程数，自己电脑的CPU的线程数可以从网上查到，如果电脑不使用则使用最大线程数运行，如果电脑还要做其他的可以输入最大线程数-2。
2、导入蛋白序列
在”全局参数”菜单中（默认Sequences次级菜单中）点击”Add“选择蛋白数据库文件。
蛋白数据库文件应该是fasta格式的文本文档。
选择完蛋白数据库文件后，直接点击左下角的“开始”，就可以运行了。如果1 min内程序运行没有问题则说明文件没有问题了。
二、多个样本LFQ定量分析
1、导入数据
（1）双击打开MaxQuant软件，点击"load"，选择原始的raw文件，导入到软件中，文件应该按照分组命名好。
（2）直接点击”No fractions“，软件会自动根据文件名把Experiment的名字给补全。
（3）在左下角输入要使用的线程数，自己电脑的CPU的线程数可以从网上查到，如果电脑不使用则使用最大线程数运行，如果电脑还要做其他的可以输入最大线程数-2。
2、设置LFQ参数
（1）在”组特定参数“下面的”Label-free quantification“菜单下面的下拉菜单中选择”LFQ“。
（2）在“全局参数”菜单下面的二级菜单“Label free quantification”菜单下面把“iBAQ”前面的复选框选择上（打上勾）。
3、导入蛋白序列
（1）在”全局参数”菜单下面的二级菜单“Sequences”中点击”Add“选择蛋白数据库文件。
蛋白数据库文件应该是fasta格式的文本文档。
（2）选择完蛋白数据库文件后，直接点击左下角的“开始”，就可以运行了。如果1 min内程序运行没有问题则说明文件没有问题了。
三、结果查看
在raw文件对应的文件夹中会出现一个名字叫做“combined”的文件夹，打开后里面会有一个名字叫做“txt”的文件夹，结果文件就放在这里面。
蛋白鉴定和定量结果在“proteinGroups.txt”文件中，这是一个文本文档，每一列的数据用“制表符”分隔。
可以直接右键用WPS打开，或者将文件的后缀改为xlsx，双击就可以用excel以表格文件形式打开了。
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